防御绿色轰炸工具版的措施包括硬件和软件两个方面。硬件方面，可以采用防火墙、负载均衡器等设备来过滤掉异常流量。软件方面，可以使用绿色轰炸工具版防御软件，通过流量清洗、黑白名单过滤等手段来保护目标网络或服务器。